静岡県三島市にある仏教系男子校・駒形大学付属三島高校 (通称：東高 (とんこー)) とカトリック系学校・聖三島女学院 (通称：三女 (さんじょ))。歴史的不仲にあった両校には合併話が持ち上がった。三女の礼拝堂が14年前に全焼し、再建築工事費などから経営難に陥ったためだ。
宗教も偏差値もまったく違う両校では反対派も多く、実験的に半年の間、3年生の1クラスだけ男女共学にすることになった。

そのクラスの担任である東高の教師・原平助 (錦戸亮) と三女の教師・蜂谷りさ (満島ひかり) もそれぞれのクラスの担任を入れ替わることになったが、平助は出だしのあいさつにつまずき、生徒たちから完全に舐められてしまっていた。

そんな中、三女には東高生との男女交際を禁ずる校則があるにも関わらず、秘密裏に交際していた 海老沢ゆずる (重岡大毅)と 阿部あまり (森川葵) は切羽詰まり、大胆な行動に出てしまう。その行動を問題視した三女の校長・吉井 (斉藤由貴) は、やはり共学化は白紙に戻すべきと平助を詰めるが、平助は生徒からの信頼を取り戻すべく、自分の青春時代の経験から学んだことを授業で伝える。それは、初恋の相手・祐子 (波瑠) の思い出につながるものだった…。

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