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無料動画情報あり！早朝の河原で暴力団の準構成員・木内の死体が発見され、科捜研・法医研究員の榊マリコ（沢口靖子）は現場に急行する。マリコが遺体を見た限りでは、後頭部に強打された痕があり、それが致命傷と思われた。だが、傷口の割りに血痕が少ない。どうやら別の場所で殺され、河原に捨てられたらしい。
木内の遺体はマリコが付き添って洛北医大に運ばれ、法医学教授・風丘早月（若村麻由美）の手で検視が行われる。そしてその結果、死因は後頭部を鈍器で強打された可能性があることが分かる。
そんな中、マリコの携帯電話に土門から連絡が入る。警備会社の現金輸送車が現金５億円を運ぶ途中に行方不明となってしまったというのだ。
警備会社で科捜研の乾（泉政行）や美貴（加藤貴子）と合流したマリコは、社長の三宅（田山涼成）から事情説明を受ける。それによると、現金輸送車はスーパー４店舗、パチンコ店２店舗の売上金、合計およそ５億円を積んで会社に戻る途中、行方がわからなくなってしまったという。
現金輸送車に乗っていたのは定年間際の藤田（高橋長英）と若い山本（菊池隆則）の2人の社員で、その2人が持ち逃げをしたのではという美貴の問いに対し、藤田も山本も真面目を絵に描いたような男たちで、けしてそんなマネをするはずはないと三宅は色をなして否定した。
やがて、現金輸送車は最後の集金を終えたあと、停まるはずのない場所に2分40秒間停車していたことが判明する。果たしてこの2分40秒の間に何が起こったのだろうか…。
以前・以後のあらすじは、新・科捜研の女 データベースから見れます。
